不到半小时，她开始对两个儿子第二次下手。此时，3岁的大儿子在床上玩睡着了，小儿子仍在床上玩耍。于是她把小儿子放睡下来，用左手托着小儿子的头，右手捂着小儿子的嘴和鼻子，小儿子一直在挣扎和哭，还用手抓她的脸，直到小儿子不动了，她才松手。就在她准备以同样的方法将3岁的大儿子捂死时，孩子的爷爷回来了，称要带孩子去洗澡，在房间里的孙琪则称孩子前两天刚洗的澡，孩子爷爷就离家一人去洗澡。

一小时之后，她用同样的方法捂死了刚过完3岁生日的大儿子。亲手捂死两个儿子后，她又QQ联系了网友汪俊，告诉他两个孩子都已经死了，并称自己会打110报警，汪俊则劝他还不如先打120救小孩，但此时的孙琪则回“都迟了，救不回来了”，并打开QQ视频将两个孩子的死状发给汪俊。